Nusantara menurut teori terletak diantara 3 lempeng dunia yang potensial menimbulkan tekanan sangat besar pada lapisan kulit bumi. Hasilnya membentuk hamparan luas yang dikenal sebagai Paparan Benua Sunda yang pada mas purbakala disebut sebagai Swetadwipa atau Lumeria dengan barisan gunung berapi dan pegunungan yang panjang. Pada zaman Glacial Wurm atau Zaman Es akhir (sekitar 500.000 tahun silam) Es dari kutub utara dan kutub selatan mencair sehingga air laut naik menenggelamkan hamparan benua sunda, menyisakan dataran tinggi dan puncak-puncak gunung vulkanis, belakangan sisa-sisa dataran yang tidak tenggelam tersebut dikenal dengan nama Nusantara.

Dalam kajian antropologi ragawi, bangsa Nusantara memiliki sejarah yang sangat panjang. Mulai dari ditemukanya fosil manusia purba yang disebut Phitecantrophus Erectus oleh Eugene Dobuis disusul dengan temuan Homo Mojokertensis, Meganthropus Paleojavanicus, Homo Soloensis hingga Homo Wajakensis menunjukan rentang waktu antara 1.000.000 sampai 12.000 tahun silam Nusantara telah dihuni manusia. namun menurut Harry Widianto dalam bukunya Mata Rantai Itu Masih Terputus Homo Sapiens yang muncul di bumi sejak 40.000 tahun lalu sangat berbeda dengan Homo Erectus yang hidup antara 300.000-200.000 tahun lalu. Disimpulkan bahwa Homo Sapien bukanlah perkembangan Evolutif dari Homo Erectus.

Menurut data lembaga Eijkman, Homo Erectus yang menghuni Nusantara antara 1.000.000 sampai 100.000 tahun lalau telah punah, yang kemudian menghuni kepulauan Nusantara adalah Homo Erectus (nenek moyang ras Melanesia) yang bermigrasi dari Afrika sekitar 70.000 – 60.000 tahun lalu dan Homo Sapiens asal Asia (nenek moyang ras Austronesia) yang datang sekitar 50.000-40.000 tahun lalu.

Mengikuti perkembangan ras Proto Melayu yaitu ras Deutro Melayu/Melayu Baru yang menyebar di Nusantara, diantara suku-suku yang termasuk ras Deutro Melayu ini adalah Jawa, Madura, Bali, Aceh, Bugis, Minagkabau, dan Sunda

Ciri yang khas dari ras Proto Melayu dan Deutro melayu yang diturunkan dari nenek moyangnya ras Mongoloid adalah tanda bercak berwarna biru/hijau pada punggung Bayi. Bila ada bayi terlahir dengan bercak biru/hijau pada punggungnya itu menandakan bahwa bayi tersebut adalah keturunan ras Mongoloid.